Действие разворачивается в феодальной Японии, где провинция Ямасиро охвачена страшной чумой. Жители в панике покидают родные места, а соседний самурайский клан Мотидзукэ отправляет на разведку своих ниндзя из клана Кога. Их миссия оборачивается катастрофой: таинственные и невероятно сильные существа, известные как демоны Кимона, без труда уничтожают всю группу.
Действие разворачивается в Токио через три года после событий предыдущего фильма. Столица Японии оказывается на грани хаоса, когда неизвестный злоумышленник, обладающий глубоким знанием высокотехнологичных систем сил обороны страны, начинает точечные атаки, сеющие панику и разрушения. Правительство вводит военное положение, а между различными силовыми ведомствами и спецслужбами разгорается...