После долгой комы Джон просыпается в мире, где от него ничего не осталось: его жена и дочь погибли при нападении неизвестных. Всё, что у него есть — это ярость и жажда возмездия против человека, стоящего за этой трагедией, бывшего коллеги по программе «Универсальный солдат» Люка Деверо. Но путь к мести оказывается лабиринтом лжи и насилия, когда Джона начинает неустанно преследовать другой...
В фильме «Универсальный солдат 3: Возрождение» мир снова оказывается на грани катастрофы. Чеченский террорист по кличке Топофф, при поддержке бывшего участника секретной программы, захватывает Чернобыльскую атомную электростанцию. В заложниках оказываются дети влиятельного политика, а террорист угрожает привести в действие взрывное устройство, способное вызвать новую радиационную аварию.