Сан-Франциско, 2015 год. Город охвачен странной эпидемией: жертвы, объединённые лишь одним — недавним визитом на Алькатрас, превращённый в тюрьму-музей. Леон С. Кеннеди, агент правительства, выходит на след похищенного инженера, чьи знания могут быть ключом к катастрофе. Параллельно Клэр Редфилд, расследуя загадочную гибель кита, и дуэт Джилл Валентайн с Крисом Редфилдом обнаруживают связь...
В разгар холодного токийского Рождества трое абсолютно разных бездомных — пожилой алкоголик Джин, transgender-художница Хана и юная беглянка Миюки — находят на мусорной куче новорождённую девочку. Несмотря на собственное отчаянное положение, они не могут оставить младенца и берутся за почти невыполнимую задачу: найти её родителей, используя единственную подсказку — записку с адресом больницы.