События фильма разворачиваются вокруг безжалостного инопланетного паразита, прибывшего на Землю с целью тотального захвата. Это существо, лишённое человеческой морали, использует ужасающую способность — проникать в тела людей, подменяя их сознание и физическую оболочку, чтобы незаметно распространять своё влияние и плодиться, создавая целую армию скрытых захватчиков.
После триумфального, но тяжёлого победоносного завершения событий фильма «Звездный путь 2: Гнев Хана», капитан Джеймс Керк остаётся один на один с непоправимой утратой. Его лучший друг, командир Спок, отдал свою жизнь, спасая корабль «Энтерпрайз». Параллельно рассудок другого близкого соратника, доктора Мак-Коя, оказывается под угрозой из-за насильственного вмешательства.