После долгой разлуки юная Мэри Кэтрин возвращается в дом отца, безумного профессора Бомбы, который полностью поглощён изучением скрытого от глаз леса. Девушка сначала скептически относится к его теориям о вечной борьбе между армиями добра и зла, происходящей под ногами человечества. Однако судьба вмешивается: она неожиданно уменьшается в размерах и попадает в этот удивительный мир, полный...
Продолжение приключений любимой компании древних животных. Саблезубый тигр Диего, мамонт Манфред, ленивец Сид и бесшабашный грызун Скрэт вновь собираются вместе, но угроза оказывается иной — не охотница или ледниковая эра, а куда более неожиданная проблема: стремительное таяние льдов. Идиллическая жизнь в тепле и воде оборачивается катастрофой, когда гигантский паводок начинает заливать их...