Три говорящих бурундука Элвин, Саймон и Теодор живут в идеальном мире вместе со своим творцом и отцом Дэйвом. Их размеренная жизнь рушится, когда Дэйв решает отправиться в романтическую поездку в Майами с новой девушкой, Самантой, и её сыном Майлзом. Бурундуки, подозревая, что брак приведёт к появлению злой мачехи и сводного брата, решают любой ценой помешать этому союзу.
В 1587 году группа английских колонистов высадилась на острове Роаноке, чтобы основать первое постоянное поселение в Новом Свете. Их внезапное и полное исчезновение без следа через несколько лет остаётся одной из величайших загадок истории Северной Америки. Фильм «Затерянная колония» предлагает собственную, пугающую версию этих событий, где историческая тайна переплетается с потусторонними силами.