В заснеженной изоляции Северной Дакоты двенадцатилетний Уолли живёт в мире, отгороженном от взрослых проблем. Его отец-военный часто в отъездах, а мать пытается сохранить семью. Одиночество мальчика развеивает появление Джесси — тяжелораненого незнакомца, скрывающегося от закона. Между ними возникает странная, нездоровая связь: Уолли видит в Джесси брата и защитника, а тот использует мальчика...
После событий первого фильма черепашки-ниндзя продолжают охранять Нью-Йорк, но их рутинные дела прерывает дерзкий побег Шреддера. При поддержке Клана Фут и изобретательного профессора Бекстера Стокмана злодей устраивает побег прямо во время транспортировки в тюрьму, используя экспериментальное портальное устройство. Шреддер исчезает, оставив героев в тупике.