Через восемнадцать лет после событий «Матрицы: Революции» мир Нео и Тринити изменился. Теперь он — Томас Андерсон, успешный геймдизайнер, создавший трилогию игр «Матрица», а она — живущая обычной жизнью семейная пара. Но его реальность нестабильна: периодические глюки, навязчивые воспоминания и ощущение, что всё вокруг — искусственная конструкция.
Успешная адвокатка Клэр Клейн переживает шок, узнав, что её муж Том на протяжении многих лет был тайным агентом военной разведки под прикрытием. Его мир рушится окончательно, когда Тома арестовывают и предъявляют обвинение в совершении особо тяжких преступлений — убийстве десятков мирных сальвадорских протестующих в 1988 году.