Мальчик Лукас, недавно переехавший в новый город, чувствует себя одиноким и беспомощным перед лицом школьного хулигана. Его раздражение находит выход в разрушении муравейников во дворе, что он считает безобидным занятием. Однако под землёй кипит целая цивилизация, и его действия не остаются незамеченными. Муравьи, возглавляемые мудрым Волшебником Зоком, решают преподать урок.
В уютном Ретровилле живет необычный мальчик по имени Джимми Нейтрон. Его лаборатория — целая вселенная из изобретений, а мечты о покорении космоса кажутся вполне реализуемыми. Но идиллия рушится в одно мгновение, когда над городом нависает реальная внеземная угроза. Инопланетяне, совершив массированный налет, похищают всех взрослых, оставив детей наедине с только что обретенной, пугающей свободой.