Фильм переносит зрителя в V век н.э., в Александрию — колыбель античной мысли, которая стоит на пороге великой трансформации. Римская империя слабеет, а христианство, ставшее политической силой, начинает беспощадно искоренять языческие традиции и свободомыслие. В эпицентре этого катаклизма — реальная историческая личность, блестящий учёный Гипатия.
Действие разворачивается в мрачном городке оккупированной Польши, где гестапо и помощники из местного населения методично выискивают укрывающихся евреев. В этом аду остаётся одинокий мальчик Алекс, запертый в руинах дома на Птичьей улице. Его отец и дядя Барух, сделавшие всё возможное, чтобы устроить ему укрытие за платяным шкафом, вскоре тоже исчезают, угнанные в лагерь.