Действие разворачивается в мрачном будущем, через три столетия после разрушительной войны, где человечество разделилось на элиту, живущую в небесном городе Скай-Ай, и простой народ, борющийся за выживание в руинах Железного города. Среди обломков цивилизации талантливый доктор-механик Идо Дайсон находит уникальные останки киборга и, восстановив её, даёт имя Алита.
