Мексика, 2014 год. Ураган Одиллия оставляет за собой руины, а приют для мальчиков оказывается на грани краха. Без средств к существованию его попечитель, бывший тренер по плаванию, вынужден искать отчаянные решения. Случай сводит его с капитаном Урíasом — ворчливым, разочарованным моряком, чья лодка и знания — единственное, что может изменить ход событий.
Мультфильм «Тайна Коко» рассказывает историю мальчика Мигеля, выросшего в уютной мексиканской деревне в семье, где музыка давно считается злом. Эта традиция родилась после того, как его прапрадед покинул семью, ради мечты, оставив глубокий след в судьбах потомков. Мигель, обожающий пение и игру на гитаре, вынужден скрывать своё призвание, пока случай не приводит его к старой гитаре...