Продолжение истории четырех неразлучных друзей из Нью-Йоркского зоопарка, которые снова оказываются вдали от дома. Лев Алекс, зебра Марти, бегемотиха Глория и жираф Мелман, сопровождаемые верной компанией вроде короля Джулиана, Мориса, Морта и хитроумных пингвинов, вынуждены искать новый способ вернуться в Америку.
После неудачной попытки устроить жизнь на Мадагаскаре привыкшие к роскоши обитатели нью-йоркского зоопарка — лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемот Глория — решают сбежать с острова. Их самолёт терпит крушение, и компания неожиданно для себя оказывается в сердце Африки, на родине Алекса. Здесь царят суровые законы дикой природы, а главной проблемой становится не хищники, а собственное...
Знакомый до мелочей уклад жизни рушится в одночасье. Лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемотиха Глория, выросшие в стерильных клетках Центрального зоопарка, с ужасом осознают, что их «корабль» прибил не к курортному острову, а к дикой, полной неожиданностей Мадагаскаре. Здесь нет горничных, меню из сочных трав и безопасных загородок.
В огромном, идеально отлаженном муравейнике каждый знает своё место: одни беспрестанно трудятся, другие воюют. Но среди рабочих есть один, кто задумывается о смысле этого существования. Антц, простой строитель туннелей, мечтает о свободе и случайно встречает принцессу Балу, что переворачивает его мир с ног на голову.