Фильм переносит зрителя в стены древнего английского поместья Мистлтвэйт, которое после событий первой части превратилось в приют для сирот. Сюда, под надзор строгой и безжалостной домоправительницы Марты, прибывает новая воспитанница — энергичная и любознательная Лиззи. Девочка, чутко улавливающая тайны места, случайно обнаруживает вход в тот самый таинственный сад, который когда-то изменил...
Летом 1917 года, в разгар Первой мировой войны, две кузины-подростка из английской деревни, Элси Райт и Фрэнсис Гриффитс, заявляют, что видели фей у ручья и даже сумели их запечатлеть на фотографии. Эти снимки, казавшиеся простой детской шалостью, неожиданно становятся национальной сенсацией и попадают в руки знаменитого создателя Шерлока Холмса, сэра Артура Конан Дойля.
Сентябрь 1938 года. Европа затаила дыхание на пороге надвигающейся войны, а в тихом французском прибрежном городке происходит событие, которое выглядит как несчастный случай — внезапная смерсть британского детектива. Его коллега, также сыскной агент из Лондона, приезжает, чтобы провести собственное расследование.