Вторая часть легендарной трилогии «Матрица» разворачивается в мире, где граница между реальностью и симуляцией становится ещё более размытой. После событий первого фильма борцы за свободу — Нео, Тринити и Морфеус — продолжают сопротивление против армии машин, но их миссия принимает новый, опасный оборот.
Томас Андерсон ведёт разделённую жизнь: днём он незаметный программист, терпящий начальство, а ночью — гениальный хакер Нео, свободно перемещающийся по виртуальным мирам. Его привычный уклад рушится, когда он сталкивается с таинственными агентами и получает от Морфеуса шанс узнать правду. Правда оказывается чудовищной: конец XX века — это иллюзия, а человечество уже давно порабощено...