После событий первого фильма черепашки-ниндзя продолжают охранять Нью-Йорк, но их рутинные дела прерывает дерзкий побег Шреддера. При поддержке Клана Фут и изобретательного профессора Бекстера Стокмана злодей устраивает побег прямо во время транспортировки в тюрьму, используя экспериментальное портальное устройство. Шреддер исчезает, оставив героев в тупике.
