Город Ашленд в штате Огайо, некогда обычный американский городок, за год до начала событий фильма превратился в жуткое царство под названием Wormtown. Его захватили плотоядные черви-паразиты, способные менять сознание хозяев и подчинять их своей воле. Власть здесь безраздельно принадлежит культу, возглавляемому харизматичным и фанатичным мэром Джошуа.
Фильм «Темные воды» основан на поразительной реальной истории, которая разворачивается в конце 1990-х. Молодой фермер из Западной Вирджинии, Wilbur Tennant, обращается к адвокату Роберту Билотту с необычной просьбой: investigateть странные смерти и болезни у него на ферме и в окрестностях. Его подозрения падают на близлежащий завод корпорации DuPont, гиганта, на котором работают почти все...