В мире Appleseed Alpha, далёком будущем после глобальной катастрофы, человечество пытается возродиться в руинах Нью-Йорка. Две главные фигуры — бывший солдат Дюнан и её напарник, киборг Бриарей, — вынуждены работать на жестокого местного правителя, выполняя опасные задания. Их путь лежит через разрушенные города и дикую природу, где каждый шаг может стать последним.
