После тайного нападения на секретную базу в Польше, в котором погибло несколько сотрудников разведки, операцию по задержанию ключевого подозреваемого поручают опытному, но отставному бойцу спецподразделения ВМС США Джейку Харрису. Его задача — эскортировать Амина Мансура, человека с опасными связями, через Европу в Вашингтон для допроса.
Фильм «Doom: Аннигиляция» переносит зрителей на мрачный марсианский спутник Фобос, где группа элитных морских пехотинцев получает чрезвычайный вызов. Их миссия — расследовать происходящее на секретной исследовательской базе, внезапно прервавшей все контакты. По прибытии военные обнаруживают установку в состоянии хаоса: системы отключены, а из глубины комплекса доносятся жуткие звуки.