После триумфального, но тяжёлого победоносного завершения событий фильма «Звездный путь 2: Гнев Хана», капитан Джеймс Керк остаётся один на один с непоправимой утратой. Его лучший друг, командир Спок, отдал свою жизнь, спасая корабль «Энтерпрайз». Параллельно рассудок другого близкого соратника, доктора Мак-Коя, оказывается под угрозой из-за насильственного вмешательства.
