Молодой человек Шон становится обладателем могущественного боевого костюма-симбиота Гайвера, чья сила даётся ценой мучительных и необъяснимых видений. В отчаянной попытке понять природу этих снов он следует к месту археологических раскопок в пустыне, где некогда был обнаружен загадочный инопланетный корабль — тот самый, который он бессознательно рисовал годами.
Знакомое трио братьев-черепашек и их наставник Сплинтер сталкивается с самой неожиданной миссией в своей истории, когда древний японский скипетр, подаренный Эйприл, оказывается порталом во времени. По технической причине, связанной с весом путешественников, Эйприл переносится в 1603 год, в разгар феодальных войн, а черепашки, отправившиеся за ней, теряют артефакт и оказываются в гуще сражения.
«Миссия правосудия» — это типичный представитель американского боевика начала 90-х, сочетающий социальную тематику с жёстким уличным экшеном. Режиссёр Брайан Эванс ставит перед зрителем сложный моральный выбор: можно ли оправдать нарушение закона ради высшей цели? Доктор Рейчел Ларкин, кандидат на пост мэра, разрабатывает радикальный план по очистке улиц.