Аниме «В лес, где мерцают светлячки» — это трогательная история о первой дружбе и невысказанных чувствах, разворачивающаяся на грани между реальным миром и миром духов. Однажды летом, гуляя в горах, маленькая девочка Хотару заблудилась и оказалась в таинственном, окутанном туманом лесу, где живут призраки и духи.
В отдалённой горной деревне Сотоба, где время будто застыло, живут те, кто остался: старики, мечтающие о покое, и молодёжь, рвущаяся в мегаполис. В эту идиллию врывается семья Нацуно, переехавшая из города, и молодой врач Тосио Одзаки, вернувшийся на родину. Но спокойствие рушится с появлением таинственной семьи, поселившейся в недавно выстроенном доме на холме.