После событий первого фильма синий еж Соник продолжает жить в Грин-Хиллз, мечтая стать настоящим героем. Его шанс представился, когда доктор Иво Роботник, сбежавший с прошлой битвы, вернулся с новым, грозным союзником — хитрым и сильным ехидной Наклзом. Их цель — легендарный Изумрудд Силы, артефакт невероятной мощи, способный стирать целые цивилизации с лица земли.
Фильм переносит зрителя в Америку конца XIX века, на территории, где цивилизация ещё только набирала силу, а правом часто становился кулак. История начинается с мелкого, но горького оскорбления: предприимчивый и зажиточный землевладелец Джон Баллард (в оригинале — Джек Булл) решает «проучить» соседа, молодого и нахального Реддинга, посмевшего ему перечить.