В уютном Ретровилле живет необычный мальчик по имени Джимми Нейтрон. Его лаборатория — целая вселенная из изобретений, а мечты о покорении космоса кажутся вполне реализуемыми. Но идиллия рушится в одно мгновение, когда над городом нависает реальная внеземная угроза. Инопланетяне, совершив массированный налет, похищают всех взрослых, оставив детей наедине с только что обретенной, пугающей свободой.
Действие разворачивается в XXXI веке, через пятнадцать лет после того, как инопланетная раса дреджи стёрла Землю с карты галактики. Остатки человечества бороздят космос на кораблях-ковчегах, живя в постоянном страхе. Судьба сводит Кейла, простого парня с колониальной станции, с таинственной генетической картой, вшитой в его ДНК.