Мультфильм «Красная Шапка против зла» переносит знакомую сказку в мир шпионского фэнтези и детективного абсурда. Главная героиня, уже не просто девочка с красной шапочкой, а выпускница тайной академии «Хитрый Дятел», получает первое серьёзное задание — найти пропавших брата и сестру Гензеля и Гретель.
После разрушительного наводнения в отдалённых районах Вермонта среди местных жителей распространяются тревожные рассказы о странных существах, замеченных в водах рек. Альберт Уилмарт, преподаватель университета и специалист по фольклору, решает лично отправиться в этот регион, чтобы отделить правду от вымысла в этих необычных историях.