Действие разворачивается в 1994 году, когда Елена Уоллес, талантливый стажер музея, и Ной Диас, бывший военный специалист по электронике, находят артефакт, который неожиданно притягивает внимание как автоботов, так и десептиконов. Их путешествие начинается в Перу, где они оказываются в эпицентре противостояния, идущего с древних времён.
После неудачной попытки устроить жизнь на Мадагаскаре привыкшие к роскоши обитатели нью-йоркского зоопарка — лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемот Глория — решают сбежать с острова. Их самолёт терпит крушение, и компания неожиданно для себя оказывается в сердце Африки, на родине Алекса. Здесь царят суровые законы дикой природы, а главной проблемой становится не хищники, а собственное...