Фильм «90 минут на небесах» — это глубоко личная драма, основанная на реальных событиях из жизни пастора Дона Пайпера. Идеальная жизнь Дона, его семья и служение рушатся в одно мгновение из-за ужасной автокатастрофы. Врачи констатируют смерть, но через полтора часа он возвращается с опытом, который переворачивает всё: его душа побывала в месте абсолютного покоя и света.
Действие разворачивается в одном из терминалов международного аэропорта, который внезапно становится зоной карантина. После тревожных симптомов у одного из пассажиров самолёт экстренно садится, но службы аэропорта отказываются его принять, запирая выживших внутри пустого здания. Вскоре становится ясно, что вирус, подобный тому, что опустошил Лос-Анджелес в первом фильме, уже проник на борт и...