Фильм «Doom: Аннигиляция» переносит зрителей на мрачный марсианский спутник Фобос, где группа элитных морских пехотинцев получает чрезвычайный вызов. Их миссия — расследовать происходящее на секретной исследовательской базе, внезапно прервавшей все контакты. По прибытии военные обнаруживают установку в состоянии хаоса: системы отключены, а из глубины комплекса доносятся жуткие звуки.
Колония строгого режима «Спроул» превратилась в автономный анклав, где власть принадлежит не охране, а самым безжалостным заключённым. Местный король, известный как Франкенштейн, укрепляет своё господство, превращая смертельные автомобильные гонки в главный закон этого заброшенного мира. Корпорация «Вейленд Интернэшнл», ранее контролировавшая тюрьму, решает вернуть контроль.