В послевоенной Японии 1945 года, охваченной голодом и руинами, бывший камикадзе Коити Сикисима пытается найти смысл жизни среди обломков родного Токио. Его путь пересекается с судьбой Сион, девушки, спасшей младенца во время бомбардировки, и вместе они образуют хрупкую семью из осколков прошлого. Коити работает в команде по обезвреживанию мин в Токийском заливе, пытаясь искупить вину за свои...
Действие разворачивается в 1614 году, когда Япония, объединённая под властью Токугавы Иэясу, пытается покончить с вековой враждой ниндзя. Последние представители двух могущественных, но истреблённых кланов — Генносукэ из Кога и Оборо из Ига — оказываются в центре политического заговора. Их личная трагедия становится метафорой бессмысленной мести, от которой страдают простые ниндзя.