Отчаявшаяся мать Роус, не сумев найти медицинской помощи для своей дочери Шэрон, страдающей от загадочной болезни, решает последовать за детскими сновидениями. Девочка incessantly повторяет название «Сайлент Хилл», и Роус убеждена, что именно там скрыт ключ к исцелению. Она везёт Шэрон в давно покинутый город, затерянный в тумане и окружённый мраком.
Действие разворачивается в мрачном антиутопическом будущем, где Земля уже тысячу лет является колонией пришельческой расы Сайклосов. Эти гигантские существа, обладающие передовыми технологиями, систематически уничтожили человеческую цивилизацию, превратив планету в гигантскую шахту для добычи ресурсов.