Спустя годы разобранная команда знаменитых кукол-маппетов снова собирается в одном строю. Их цель — организовать масштабное благотворительное шоу, которое должно привлечь достаточно средств, чтобы выкупить студию из-под контроля жадного магната. Героям предстоит не только найти бывших участников, но и преодолеть собственные обиды и сомнения, вспомнив, что значит быть семьёй.
Второе приключение легендарных братьев-черепашек продолжает историю, начатую в первом фильме. Теперь угроза становится ещё масштабнее: злодей Шредер и его клан Футов добывают секретное вещество — мутаген, способное превращать любые организмы в чудовищ. Их цель — создать армию непобедимых мутантов и захватить Нью-Йорк.
В мрачных канализационных тоннелях Нью-Йорка радиационные отходы превращают четырех домашних черепашек и их друга — крысу-мутанта — в разумных существ гигантского размера. Крыса, ранее служившая японскому мастеру ниндзя, обучает новоиспеченных братьев боевым искусствам, даруя им имена легендарных итальянских художников: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло.