Обычная жизнь смотрителя Кливленда Хипа рушится в одну ночь, когда он находит в бассейне молодую женщину по имени Стори. Она необычайно хрупка и говорит на странном языке, а её происхождение кажется невозможным: Стори — обитательница подземных каналов и персонаж сказки, материальной реальности для всех, кроме неё самой.
Фильм Терри Гиллиама переносит зрителя в мрачный мир 2035 года, где человечество почти уничтожено lethal вирусом. Выжившие прячутся под землёй, а учёные отправляют в прошлое преступника Джеймса Кола, чтобы он обнаружил источник эпидемии. Его миссия переплетается с загадкой «Двенадцати обезьян» — группы, возможно, стоявшей за катастрофой.