После событий первого фильма черепашки-ниндзя продолжают охранять Нью-Йорк, но их рутинные дела прерывает дерзкий побег Шреддера. При поддержке Клана Фут и изобретательного профессора Бекстера Стокмана злодей устраивает побег прямо во время транспортировки в тюрьму, используя экспериментальное портальное устройство. Шреддер исчезает, оставив героев в тупике.
«Потерянный рейс» — это хроника одного из самых трагических дней в современной истории, увиденная через призму судьбы четвертого угнанного самолета. Режиссер Пол Гринграсс отказывается от голливудских условностей, выбирая максимально приближенный к реальности документальный стиль. Камера буквально живет в салоне самолета, передавая хаос, страх и постепенно зарождающееся среди пассажиров...