Фильм «Тайна отца Амаро» разворачивается в современной (на момент съёмок) Мексике, где католическая церковь по-прежнему играет ключевую роль в жизни общества. Главный герой, только что посвящённый в сан священник Амаро, прибывает в провинциальный городок для замены пожилого настоятеля. Его идеализм и стремление к простой, искренной вере сталкиваются с суровой реальностью: местный приход кишит...
Продолжение истории о блестящем, но уставшем от мира детективе Хермане Арета, который снова берётся за сложное и личное расследование. Его клиент, Мигель Сампедро, переживает болезненный разрыв после двух десятилетий отношений и подозревает, что его партнёр нашёл кого-то другого. Но ситуация стремительно выходит из-под контроля, когда оба мужчины обнаруживаются убитыми, превращая возможную...