После долгой комы Джон просыпается в мире, где от него ничего не осталось: его жена и дочь погибли при нападении неизвестных. Всё, что у него есть — это ярость и жажда возмездия против человека, стоящего за этой трагедией, бывшего коллеги по программе «Универсальный солдат» Люка Деверо. Но путь к мести оказывается лабиринтом лжи и насилия, когда Джона начинает неустанно преследовать другой...
Вторая часть легендарной трилогии «Матрица» разворачивается в мире, где граница между реальностью и симуляцией становится ещё более размытой. После событий первого фильма борцы за свободу — Нео, Тринити и Морфеус — продолжают сопротивление против армии машин, но их миссия принимает новый, опасный оборот.