Фильм продолжает историю группы подростков, сумевших разрушить загадочный лабиринт, но обретённая свобода оказывается иллюзией. Выжившие, возглавляемые Томасом, Минхо и Терезой, попадают в руки секретной организации под названием ПОРОКА, которая ставит их перед новыми, ещё более жестокими испытаниями.
После долгой разлуки юная Мэри Кэтрин возвращается в дом отца, безумного профессора Бомбы, который полностью поглощён изучением скрытого от глаз леса. Девушка сначала скептически относится к его теориям о вечной борьбе между армиями добра и зла, происходящей под ногами человечества. Однако судьба вмешивается: она неожиданно уменьшается в размерах и попадает в этот удивительный мир, полный...