Фильм «Красная фракция: Происхождение» разворачивается на Марсе в мире, отражённом в культовой игровой серии. Действие сосредоточено на Джейке Мэйсоне, сыне легендарного лидера колонистов Алека Мэйсона, чья борьба за независимость планеты оставила глубокий след. Семья Джейка разрушена: отец сломлен потерей, а сестра Лира была похищена врагами много лет назад.
После событий первой части агент ФБР Малкольм Тёрнер, известный своей уникальной способностью к перевоплощению, решает оставить опасную работу, чтобы посвятить время своей беременной жене. Однако спокойная жизнь рушится, когда его бывший напарник погибает при загадочных обстоятельствах. Следствие указывает на связь с влиятельным бизнесменом Томом Фуллером, подозреваемым в разработке опасного...