Аниме-сериал «Бездомная девочка Реми» — это глубокая и трогательная история, основанная на романе Мориса Жуанно. Действие разворачивается во Франции XIX века, где маленькая Реми живёт в бедной деревне, не подозревая о своём истинном происхождении. Ужасная правда о том, что она «подкидыш», обрушивается на неё вместе с предательством близких.
Действие разворачивается в Токио через три года после событий предыдущего фильма. Столица Японии оказывается на грани хаоса, когда неизвестный злоумышленник, обладающий глубоким знанием высокотехнологичных систем сил обороны страны, начинает точечные атаки, сеющие панику и разрушения. Правительство вводит военное положение, а между различными силовыми ведомствами и спецслужбами разгорается...