Фильм «Темные воды» основан на поразительной реальной истории, которая разворачивается в конце 1990-х. Молодой фермер из Западной Вирджинии, Wilbur Tennant, обращается к адвокату Роберту Билотту с необычной просьбой: investigateть странные смерти и болезни у него на ферме и в окрестностях. Его подозрения падают на близлежащий завод корпорации DuPont, гиганта, на котором работают почти все...
Действие разворачивается в 1952 году в изолированном румынском монастыре Святой Карты, где самоубийство молодой сестры становится лишь первым звеном в цепочке ужасающих событий. Ватикан, опасаясь надвигающегося зла, направляет туда отца Бёрка — священника, специализирующегося на расследованиях сверхъестественного, чья собственная история омрачена трагедией.