Третья и финальная часть трилогии «Бегущий в лабиринте» переносит зрителей в постапокалиптический мир, где молодые герои, пережившие испытания Лабиринтом, сталкиваются с новой, ещё более жестокой угрозой. После того как тайна WCKD и причина «Горечи» раскрыты, Томас, Минхо, Ньют и другие глейдеры оказываются в эпицентре последней войны за будущее человечества.
Фильм переносит зрителя в густые джунгли Вьетнама 1968 года, где группа молодых американских солдат получает задание, от которого кровь стынет в жилах: исследовать и обезвредить сложную сеть подземных тоннелей, спрятанных под их базой. Эти узкие, темные проходы — не просто инженерное сооружение, а целый подземный город, заселенный отчаянными бойцами Вьетконга и уставший минами-ловушками.
На первый взгляд, этот изолированный тропический остров кажется райским уголком, но за его живописными пейзажами скрывается смертельная опасность. Джек Карвер, оказавшийся здесь по стечению обстоятельств, быстро понимает, что кусочек суши кишеет секретными объектами, где безумный профессор ведёт чудовищные опыты по генной модификации.