Действие разворачивается в мире, отчасти восстановленном после масштабного инопланетного вторжения, показанного в предыдущих частях франшизы. Спустя пятнадцать лет люди и дружественные инопланетные гибриды пытаются выстроить хрупкое сосуществование, но этот баланс оказывается под угрозой из-за загадочного вируса, способного уничтожить обе расы.
Нью-Йорк превращается в поле битвы, когда небо над мегаполисом заполняется гигантскими инопланетными кораблями. Тысячи людей безжалостно поднимаются в воздух, а улицы погружаются в хаос. В самый разгар этой кошмарной сцены детектив Марк Корли обнаруживает, что среди похищенных — его собственный сын Трент.
Джимми Ливингстон — единственный человек на свете, чья иммунная система отказалась служить ему. С рождения он существует в специальном пластиковом коконе, где каждый вдох и каждое прикосновение строго контролируются. Его мир ограничен стерильной комнатой, родительским домом и телевизором, пока в него не врывается первая настоящая любовь к соседке Хло.