Действие разворачивается в 1614 году, когда Япония, объединённая под властью Токугавы Иэясу, пытается покончить с вековой враждой ниндзя. Последние представители двух могущественных, но истреблённых кланов — Генносукэ из Кога и Оборо из Ига — оказываются в центре политического заговора. Их личная трагедия становится метафорой бессмысленной мести, от которой страдают простые ниндзя.
В основе фильма лежит одно из самых страшных и резонансных преступлений в послевоенной истории Японии — похищение и убийство школьницы Дзюнко Фуруты в 1988 году. Режиссёр Тэруо Ишии не стремится к сенсационности, а с холодной точностью и социальной остротой воссоздаёт цепочку событий, приведших к трагедии.