Фильм «Злой город» переносит зрителя в суровую зиму 1238 года, в разгар монгольского нашествия на Русь. Разрушив крупные города — Рязань, Владимир, Торжок и Москву — хан Батый направляет свои полчища на Новгород, но, узнав о его неприступности, поворачивает назад. Однако часть войска, разделённая для охвата территорий, движется к Козельску, маленькому, но гордому городу на пути отступления.
Действие разворачивается в 1927 году, в эпоху напряжённого противостояния молодого Советского государства и подъёма националистических движений в Китае. Транссибирский экспресс, гигантская артерия, соединяющая Европу с Дальним Востоком, становится полем для смертельно опасной игры. В одном из вагонов скрывается груз, способный изменить ход истории — секретные протоколы, определяющие будущее...