В мире Appleseed Alpha, далёком будущем после глобальной катастрофы, человечество пытается возродиться в руинах Нью-Йорка. Две главные фигуры — бывший солдат Дюнан и её напарник, киборг Бриарей, — вынуждены работать на жестокого местного правителя, выполняя опасные задания. Их путь лежит через разрушенные города и дикую природу, где каждый шаг может стать последним.
Знакомство с дочерью одного из величайших мастеров-големоделов становится для Лины и Наги отправной точкой в новом приключении. Город, где когда-то творили искусные механические создания, теперь расколот на две враждующие части, каждую из которых контролирует алчный правитель. Один из них сумел уговорить бывшего мастера вернуться к ремеслу, скрыв истинные цели, а второму приходится искать...