Фильм «Злой город» переносит зрителя в суровую зиму 1238 года, в разгар монгольского нашествия на Русь. Разрушив крупные города — Рязань, Владимир, Торжок и Москву — хан Батый направляет свои полчища на Новгород, но, узнав о его неприступности, поворачивает назад. Однако часть войска, разделённая для охвата территорий, движется к Козельску, маленькому, но гордому городу на пути отступления.
В небольшом провинциальном городке Залесье, где майор полиции Василиса Журавлёва знает каждого нарушителя порядка, спокойствие рушится с обнаружением убийства. Это преступление, казалось бы, не имеющее параллелей, моментально вскрывает глубокие тайны прошлого местных жителей, затрагивая самых близких людей главной героини.