Десять лет назад мир изменился: открылись Порталы, соединяющие Землю с измерениями, кишащими чудовищами. Так родилась профессия Охотников — избранных, обладающих магической силой для сражения с тварями и исследования подземелий. Среди них Сон Джин-у, чей E-ранг символизирует почти полное бессилие и отсутствие перспектив для роста.
В рамках масштабной арки вселенной «Доктора Стоун» команда гениального учёного Сэнку Исигами делает решающий шаг к восстановлению человеческой цивилизации. После победы над силой, превратившей людей в камень, и создания основного поселения, следующим критически важным этапом становится построение корабля, способного пересечь океан и найти источник «зелёного света».
Действие разворачивается в мире, едва оправившемся от катастрофы, вызванной возрождённым драконом Бахамутом. Человечество, воспользовавшись помощью порабощённых демонов, отстроило разрушенную столицу и вступило в эру процветания. Однако этот мир далёк от истинного мира: боги, чья сила зависит от веры людей, стремительно теряют влияние, а демоны, вынужденные восстанавливать город, тайно готовят...