Долгожданное завершение знаменитой аниме-адаптации манги Хирохико Араке. Братья Эдвард и Альфонс Элрики, прошедшие через испытания алхимией и войной, сталкиваются с последней и самой страшной угрозой — тайной, угрожающей стереть с лица земли всё, что они знают. Их путь ведёт к финальной трансмутации, где каждый шаг требует невероятных жертв.
Действие разворачивается в 1614 году, когда Япония, объединённая под властью Токугавы Иэясу, пытается покончить с вековой враждой ниндзя. Последние представители двух могущественных, но истреблённых кланов — Генносукэ из Кога и Оборо из Ига — оказываются в центре политического заговора. Их личная трагедия становится метафорой бессмысленной мести, от которой страдают простые ниндзя.